Основний ризик, пов'язаний із вживанням спіруліни, являє собою можливу низьку якість водорості та наявність у ній шкідливих домішок. Коли спіруліна вирощується просто неба в штучних басейнах, до неї потрапляють атмосферні опади, важкі метали та інші шкідливі речовини.