МРТ судин призначається при атеросклерозі головного мозку, ішемічній хворобі мозку, а також при підозрах на аневризми, артеріо-венозні мальформації, васкуліт, тромбоз, гематоми, при вертебробазилярній недостатності, судинних новоутвореннях (доброякісних та діагностичних).