У народній медицині водний настій трави змієголовника молдавського застосовується як протизапальний, ранозагоювальний, болезаспокійливий, заспокійливий, протисудомний, спазмолітичний засіб, а також при порушенні функцій органів шлунково-кишкового тракту, для збудження апетиту, при жіночих хворобах.