Лізосома відповідає за внутрішньоклітинне перетравлення макромолекул, у тому числі при аутофагії; лізосома здатна до секреції свого вмісту в екзоцитозі; також лізосома бере участь у деяких внутрішньоклітинних сигнальних шляхах, пов'язаних із метаболізмом та зростанням клітини.