Гастроентерит викликається патогенними бактеріями чи вірусами. Оскільки антибіотики на віруси не діють, їх не завжди призначають. Препаратів, які зупиняють діарею, слід уникати: вони перешкоджають швидкому виведенню хвороботворних організмів із кишечника. Зазвичай, хвороба триває 3-5 днів.