Для такого способу не підходять рослини сімейства Пасльонові (картопля, помідори, баклажани та перець), тому що в їх проростках міститься соланін, який є отруйною речовиною і може призвести до проблем із травленням. Також не варто вирощувати гарбузові рослини, оскільки мікрозелень з них виходить гірка.